La gouvernance du CMNC est régie par un Conseil d’Administration qui se réunit tous les mois et par un bureau qui se réunit chaque semaine.

L’animation opérationnelle et la communication sont assurées par une manager, Mélanie Huitric en charge notamment de la mise en place et l’animation des groupes synergie, de l’organisation des Assises de l’économie maritime indopacifique, de la représentation du cluster dans des groupes de travail et évènements extérieurs, et des rapports écrits.